На основании Постановления Совнаркома СССР о расширении сети военно-учебных заведений Нарком Обороны СССР издал Приказ № 035 от 1 апреля 1937 года, согласно которому предписывалось «... сформировать в Севастополе ВМУ по подготовке командных кадров для кораблей и частей флота. Вновь сформированному училищу присвоить наименование «2-е военно-морское училище». Первый набор в училище был в конце июля - начале августа 1937 г. Среди курсантов 1 набора большинство были комсомольцы, прибывшие по призыву ЦК ВЛКСМ: «Молодежь - в военные училища!» Строительство началось в июле 1937 г. военными строителями Черноморского флота при непосредственном участии курсантов первых наборов.
Первоначально возводили два одноэтажных жилых корпуса. Одновременно велись работы по закладке фундамента первой очереди учебного корпуса, строительству котельной и бани. Жить курсантам первого набора пришлось в палатках, разбитых на берегу моря, недалеко от береговой батареи. Занятия проводились под открытым небом и в недостроенных помещениях. Одновременно с обучением, используя каждую минуту свободного времени, курсанты работали на строительстве училищных объектов.

Зимой курсантов разместили на пароходе «Очаков», который был поставлен в бухте Стрелецкой. Были построены учебный корпус, котельная, прачечная, овощехранилище, два жилых двухэтажных корпуса, санитарная часть.
Для строительства нового училища выделялась территория более 50 га между бухтами Стрелецкой и Песочной. Это был настоящий пустырь. Никаких строений на отведенной территории не было, если не считать учебной береговой артиллерийской батареи казематного типа, построенной перед 1-й Мировой войной.
Создать новое училище - дело трудное. Необходимо было решать одновременно ряд сложных проблем: строительство учебных, жилых и вспомогательных помещений; комплектование преподавательского и командного состава, проведение набора курсантов.

С началом Великой Отечественной войны состоялись досрочные выпуски. Воспитанники ЧВВМУ своими мужеством, отвагой, высоким профессионализмом и безграничной любовью к Родине вписали гордое имя родного училища в боевую летопись флота на различных морских театрах военных действии. 1794 выпускника в боях с немецко-фашистскими захватчиками с честью прошли через горнило войны, вместе со всем народом приближали долгожданную победу. Тринадцать выпускников и офицеров стали Героями Советского Союза, а двое были удостоены этого звания уже в мирное послевоенное время. Среди его воспитанников - Герой Социалистического Труда и пять Героев Российской Федерации.
После окончания Великой Отечественной войны 4 апреля 1946 года было принято решение о восстановлении Черноморского военно-морского училища для подготовки командиров малых кораблей со временем обучения два года.
30 апреля 1947 года в соответствии с Постановлением Президиума Верховного Совета СССР от 27 января 1947 года училищу было вручено Боевое Знамя части, под которым ЧВВМУ впервые после войны принимало участие в параде войск Севастопольского гарнизона 1 мая 1947 года.
В конце 40-50 годов началось активное строительство новых учебных жилых и бытовых зданий и сооружений. К октябрю 1951 года окончено строительство спального корпуса на 1200 мест. Это красивое трехэтажное здание, увенчанное шпилем, монтаж которого выполнялся башенным краном, впервые использованным в Севастополе. Также в том году был построен лабораторный корпус, баня, прачечная, инженерные сети, было сдано в эксплуатацию здание столовой на 1000 посадочных мест. Новая курсантская столовая позволяла в одну смену принимать пищу всему личному составу училища.
18 апреля 1952 года Постановлением Совета Министров №2 1857, приказом Военно¬-Морского Министра № 107 от 24.04.1952, в связи со 150-летием со дня рождения адмирала Нахимова П.С., его имя было присвоено ЧВВМУ, которое стало именоваться «Черноморское высшее военно¬морское училище имени П. С. Нахимова».
В ЧВВМУ имени П.С. Нахимова готовили ракетчиков для надводных кораблей и подводных лодок, вооруженцев для авиации ВМФ и офицеров подразделений специального вооружения.
3 апреля 1975 года Указом Президиума Верховного Совета СССР за большие заслуги в подготовке офицерских кадров для Вооруженных Сил и в связи с 30-летием Победы в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг. ЧВВМУ им. П.С. Нахимова было награждено орденом Красной Звезды. В июне 1983 года в честь 200-летия Черноморского флота и города-героя Севастополя был сооружен памятник Выпускникам училища с установленной на нем первой крылатой ракетой «П-15».
В 1993 г. постановлением Кабинета Министров Украины на базе бывшего Черноморского высшего военно-морского ордена Красной Звезды училища имени П.С. Нахимова и Севастопольского высшего военно-морского инженерного училища был создан Севастопольский военно-морской ордена Красной Звезды институт ВМС ВС Украины имени П.С. Нахимова. В 2009-м была образована Академия военно-морских сил Украины имени П.С. Нахимова, которая являлась единственным высшим военно-морским учебным заведением Украины до 2014 года.
После проведения референдума о провозглашении независимости Республики Крым с последующим воссоединением Крыма и Севастополя с Российской Федерацией 20 марта 2014 года Президент Российской Федерации Владимир Путин по предложению Министра обороны Российской Федерации Сергея Шойгу подписал Распоряжение о возрождении Черноморского высшего военно-морского ордена Красной Звезды училища имени П.С. Нахимова.
13 мая 2014 года, в День Черноморского флота, ЧВВМУ имени П.С. Нахимова вручено Боевое знамя нового образца.

18 июня 2014 года состоялся первый Российский выпуск - 64 выпуск офицеров выпускников 2014 года.
01 августа 2014 года произведен первый набор курсантов в Черноморское ВВМУ имени П.С. Нахимова под Российским флагом в количестве 248 человек.
09 мая 2015, 2018, 2019, 2021 и 2022 года личный состав училища принял участие в параде на Красной площади в Москве в ознаменование Победы советского народа в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.
Указом Президента Российской Федерации от 25 июля 2022 года №494 Черноморское высшее военно-морское ордена Красной звезды училище имени П.С. Нахимова награждено орденом Нахимова.
Наше прославленное училище в разное время окончили более двухсот адмиралов и генералов, из них 1 - Министр обороны Российской Федерации, 2 - Главнокомандующих Военно-Морским Флотом Российской Федерации, 11 - командующих флотами Российской Федерации, 121 выпускник окончил ЧВВМУ с золотой медалью.
В настоящее время ЧВВМУ обеспечивает полную военно-специальную подготовку офицеров по 6 специальностям и мичманов со средним профессиональным образованием по 3 специальностям. Кроме того, в училище на двух факультетах по программам бакалавриата и специалитета осуществляется подготовка студентов по 6 специальностям на платной основе. Обучение проводится в соответствии с федеральными государственными образовательными стандартами. Формирование у курсантов необходимых военно-профессиональных компетенций обеспечивается строгим соблюдением квалификационных требований к военно-профессиональной подготовке выпускников, утверждённых Главнокомандующим Военно-Морским Флотом.