Кафедра водолазной и специальной подготовки является выпускающей кафедрой. Обучение на кафедре проводится по специальности 26.05.03 «Строительство, ремонт и поисково-спасательное обеспечение надводных кораблей и подводных лодок» по специализации «Подводно-технические работы специального назначения» в очной форме. Срок обучения 5 лет. По окончании присваивается офицерское звание лейтенант, выдаётся диплом о высшем образовании с присвоением квалификации «инженер», а также присваивается высшая водолазная квалификация «водолазный специалист».
За время обучения курсанты кафедры водолазной и специальной подготовки изучают основные типы водолазного снаряжения и средств обеспечения водолазных спусков, различные виды специального стрелкового оружия применяемых в Вооруженных Силах Российской Федерации, получают навыки выполнения специальных водолазных работ, командования водолазными спусками, командования группой специального назначения Военно-Морского Флота.
Курсанты на нашей кафедре выполняют специальные водолазные работы под водой, стреляют из подводного оружия, совершают прыжки с парашютом, для этого в училище есть открытый водолазный полигон, водолазный бассейн и воздушно-десантный комплекс. Для закрепления полученных навыков, проводятся практики в учебных центрах и в воинских частях специального назначения Военно-Морского Флота.
Кроме того, за время обучения курсанты принимают активное участие в научной деятельности училища: участвуют в научных исследованиях, занимаются рационализаторской работой по различным направлениям, выступают на научных конференциях различного уровня. Выпускники кафедры водолазной подготовки назначаются на должности: командиров разведывательных групп, командиров групп отрядов борьбы с противодиверсионными силами, водолазных специалистов аварийно-спасательных отрядов Флотов, а также на первичные должности в различные силовые структуры ФСБ, ФСО, Рос Гвардии.
